慧远的“神不灭”论及“法性论”思想，建立在般若实相思想的基础之上。慧远深受道安“性空宗”的影响，自己对般若学有过深入的研究，并且对般若性空思想有准确理解的一面。《出三藏记集·慧远法师传》赞扬他对“无生实相之玄，般若中道之妙，即色空慧之秘，缘门寂观之要，无微不析，无幽不畅。”但是，慧远不满般若学“一切皆空”的思想，他“常以支、竺旧义，未穷妙实，乃著《法性论》，理奥文诣。”[27]所谓“支、竺旧义”，是指支娄迦谶所翻译的《道行般若经》和竺法护所翻译的《光赞般若经》。在慧远看来，上述《般若经》在佛性论问题上，偏重于“去妄显空”，忽视了“显空”之后的“妙实”，即“实相”、“妙有”。宗大乘中观学派的鸠摩罗什见到慧远《法性论》后赞叹说：“边国人未有经，便暗与理合，岂不妙哉！”[28]。我们已无法看到《法性论》一书的具体内容，只能从鸠摩罗什对此书的评价中推知，慧远的《法性论》的内容是符合大乘般若实相思想的，其“法性论”思想是以般若实相思想为理论基础的。不然的话，鸠摩罗什不会对《法性论》如此赞叹！特别是，慧远在研究《大品般若》、《大智度论》后，更是明确的说到“法性”就是“无性之性”：“有而在有者，有于有者也；无而在无者，无于无者也。有有则非有，无无则非无。何以知其然？无性之性，谓之法性，法性无性，因缘以之生。生缘无自相，虽有而常无。常无非绝有，犹火传而不熄。”[29]慧远上述“法性无性”的思想已经“接近于中观的思想。”[30]由于慧远对《般若经》的重视和深入研究，所以南朝梁武帝在《注解大品序》中[31]，把慧远与龙树、道安、鸠摩罗什相提并论，说他们“莫不服膺”《大品般若》。这从一个侧面说明了大乘般若思想在慧远佛学思想体系中的重要地位。由于慧远的“神不灭论”及“法性论”是建立在大乘般若实相思想的基础之上，所有慧远所主张的“不灭之神”、“妙实”、“真性”、“不变之性”等所体现出来的“有”，并不等同于世间俗谛意义上的“有”，而是兼备真、俗二谛意义上的“妙有”。
    慧远主张“形尽神不灭”论，主要是为了解决报应轮回的主体和众生成佛的依据问题。佛教业报轮回的思想来自印度教，但是它又反对印度教将大梵作为轮回的主体，这实际上造成佛教一方面主张轮回，另一方面又否定轮回主体的内在矛盾。为了解决这一矛盾，佛教中有些派系主张有“补特伽罗”（轮回主体）的说法。当时，有很多人对佛教的报应轮回思想提出质疑，慧远特意写了《明报应论》和《三报论》，以试图从理论上作出比较系统的回答。善恶报应的主体以及成佛的依据究竟是什么，慧远结合佛教理论和中国传统思想，提出了自己的“神不灭论”及“法性论”思想。在慧远看来，“不灭之神”是报应轮回的主体，因为众生之所以陷入生死轮回而不得解脱，主要因为众生顺化以求宗，结果“以情累其生”、“以生累其神”，从而陷入“以生生为大而未能令生者不死”[32]之方生方死的生死轮回境地。若“不以情累其生，则生可灭；不以生累其神，则神可冥。冥神绝境，故谓之泥洹。”也就是说，只有返本求宗，使“神”超落尘封，不受生死情累，就会进入“不变为性”的涅槃境界。从此意义上讲，“神不灭”之“神”与“不变为性”之“法性”，实际上都是众生超脱轮回、成佛成圣的依据。在法显译出《大般泥洹经》（六卷《泥洹》）之前，魏晋佛学以般若学为主流，涅槃佛性论问题并未成为当时佛教界理论探讨的重点。但是，有人对主张“一切皆空”的般若学提出了质疑，因为般若学对报应轮回主体问题、成佛依据的佛性论问题并未作出明确的说明。据《出三藏记集》载，在六卷《大般泥洹经》译出前，鸠摩罗什因未见到《大般泥洹经》而常常感到困惑：“佛之真主亦复虚妄，积功累德，谁为不惑之本？”“佛若虚妄，谁为真者？若是虚妄，积功累德，谁为其主？”[33]鸠摩罗什所面临的困惑，正是般若学自身所面临的重大问题，也是慧远努力要解决的问题。慧远 的“神不灭论” 及“法性论”思想的提出，正是对上述问题的回答。鸠摩罗什后，随着大乘《涅槃经》的译出，涅槃佛性论思潮逐步取代了般若学思潮。因此可以说，慧远的以“主有”为特征的“神不灭论”及“法性论”，在逻辑与思想上是对魏晋般若学的否定与超越，直接开启了南北朝涅槃佛性论思潮之先河，在佛学理论上具有承上启下的鲜明特色。慧远以后的南北朝，佛学讨论的理论重点已从“主真空”的般若学而转向“主妙有”的涅槃佛性论。人们理论的兴奋点已从《般若经》转向大乘《涅槃经》，重新校译的《大品般若经》在大乘《涅槃经》面前遭到冷落和贬抑。当然，涅槃佛性论思潮的真正开启者，应是晋、宋之际有“涅槃圣”之称的竺道生。
    慧远的佛学理路表现出一种从般若之“空”转向涅槃之“有”的特点。涅槃佛性论本来就是在大乘般若实相思想的基础之上发展起来的。“不灭之神”和“不变之性”体现出慧远佛学多了一份以“主有”为特点的涅槃佛性论色彩，少了一份以“主空”为特点的般若学色彩。所谓“至极以不变为性”，就是说“涅槃”、“真如”、“法性”应该超越生死变化和业报轮回，而达到不变、寂静、永恒的境界。“法性”是“法真性”，是“无性”与“真性”的统一，具有“不变性”和“真常性”，而不能仅仅说它是“性空”。元康《肇论疏》曾引用慧远《法性论》的话：“问云：性空是法性乎？答曰：非。性空者，即所空而为名，法性是法真性。”在慧远看来，“性空”和“法性”不是一回事，前者主“真空”，后者主“妙实”。慧远认为，“佛是至极，至极则无变，无变之理，岂有穷耶？”[34]“法性”、“涅槃”常住不变，如同“神”不灭一样，永恒长存。慧远上述“至极以不变为性，得性以体极为宗”的“法性论”思想，与后来由昙无谶译出的四十卷《大般涅槃经》的涅槃佛性思想非常接近。释道朗在介绍此《大般涅槃经》内容时说：“夫法性以至极为体，至极则归于无变，所以生灭不能迁其常。生灭不能迁其常，故其常不动；非乐不能亏其乐，故其乐无穷。······是以斯经解章，叙常乐我净为宗义之林，开究玄致为涅槃之源。”[35]在盛行般若学的东晋，当法显的六卷《大般泥洹》译出后，竟然遭到人的怀疑。因为六卷《大般泥洹》宣扬“泥洹不灭，佛有真我。”[36]这与《般若经》强调的“无我”、“无住”的思想旨趣相异。所以很多人站在般若学的立场上怀疑“佛之真我”、“法身常存，一切皆有佛之真性”等《大般泥洹》所宣扬的佛法思想。由此看来，在般若学盛行的东晋，慧远主张“不灭之神”及“不变之真性”，在佛学理路上完全契合了《大般泥洹经》和《大般涅槃经》，甚至可以说他已唱涅槃佛性论之先声。慧远的“不灭之神”已初具“佛性我”的形态，他的佛学思想具有由般若学向涅槃佛性论转变的特点。